La segunda categoría del fútbol femenino de AFA existe desde la temporada 2015/16 y Deportivo Merlo participa desde su tercera edición: las charras debutaron con un 17° puesto en 2017/18 y fueron quintas en la zona Permanencia del torneo 2018/19. La temporada 2019/20 fue suspendida por las consecuencias de la pandemia de COVID19 tras jugarse 2 fechas de la segunda fase (Merlo fue 11° en la clasificación e iba a jugar la Zona Permanencia). En el año 2021 las charras tuvieron una temporada histórica en la que pelearon por el ascenso a Primera División llegando a los 4tos de final del torneo. En 2022 y 2023 Deportivo Merlo tuvo un buen desempeño en la Zona Permanencia quedando en el segundo lugar y tercer lugar respectivamente.
PRIMERA B 2024
El torneo lo juegan 22 equipos divididos en 2 zonas de 11 cada una en la que se enfrentarán todos contra todos a dos ruedas. Los 4 equipos del Interior del país (Atlético De Rafaela, Sarmiento, Talleres y Unión) se repartirán 2 y 2 en cada grupo. El certamen pone en juego 3 Ascensos a Primera División y 3 Descensos a Primera C.
Quienes lideren cada zona clasificarán a una final por el primer Ascenso del que saldrá el campeón de la categoría y los dos restantes saldrán de un Reducido para subir a la máxima categoría.
Al Reducido clasifican quienes ocupen del 2° al 7° puesto de cada Zona en instancias de eliminación directa hasta quedar 3 equipos a los que se sumará el perdedor de la final por el primera Ascenso. Quienes triunfen en cada semifinal se llevarán el segundo y tercer Ascenso a Primera y además jugarán un partido definitorio para determinar al campeón del Reducido.
El último de cada zona bajará a la Primera C y el tercer Descenso se disputará en un enfrentamiento entre los equipos que ocupen el puesto 10 de cada grupo. El perdedor entre ambos descenderá de categoría.
Deportivo Merlo comparte división con All Boys, Argentino de Quilmes, Argentinos Juniors, Atlanta, Atlético Rafaela, Camioneros, Comunicaciones, Defensa y Justicia, Defensores de Belgrano, Deportivo Armenio, Deportivo Español, Deportivo Morón, El Porvenir, Estudiantes de La Plata, Lanús, Lima FC, San Miguel, Sarmiento de Junín, Talleres de Córdoba, Unión de Santa Fe y Vélez Sarsfield
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